Assassin's Creed Shadows permite a los jugadores elegir entre dos protagonistas convincentes: Naoe, una femenina shinobi, y Yasuke, un samurai africano histórico, una opción que se genera una considerable discusión previa al lanzamiento. A algunos fanáticos se les preocupaba que centrarse en un personaje podría significar perder elementos de historia cruciales o juego.
El director creativo Jonathan Dumont abordó estas preocupaciones, describiendo su propio enfoque equilibrado: "Tiendo a cambiar entre personajes de manera bastante uniforme. Por ejemplo, podría pasar 3-5 horas con un protagonista, luego cambiar y jugar otras 2-3 horas con la segunda".
Sin embargo, Dumont aseguró a los jugadores que priorizar a un solo protagonista no afectará significativamente su experiencia. Si bien cada personaje cuenta con secuencias de apertura únicas y arcos de historia personal, la narrativa del juego se adapta a la elección del jugador. Él alienta a los jugadores a jugar como prefieren: "No creo que te pierdas mucho. Realmente se reduce a tu estilo de juego personal. Podrías pensar: 'Muy bien, veré cómo el juego se ajusta en función de qué personaje esceo'. Cada héroe tiene sus propias presentaciones únicas y líneas de búsqueda dedicadas, pero la experiencia principal es flexible.
