Assassin's Creed Shadows permite que os jogadores escolham entre dois protagonistas atraentes: Naoe, uma shinobi feminina e Yasuke, um samurai africano histórico-uma escolha que gerou considerável discussão antes do lançamento. Alguns fãs temiam que o foco em um personagem pode significar perder elementos cruciais da história ou jogabilidade.
O diretor criativo Jonathan Dumont abordou essas preocupações, descrevendo sua própria abordagem equilibrada: "Eu costumo alternar entre os personagens de maneira uniforme. Por exemplo, posso passar de 3 a 5 horas com um protagonista, depois mudar e jogar mais 2-3 horas com o segundo".
No entanto, Dumont tranquilizou os jogadores que priorizar um único protagonista não afetará significativamente sua experiência. Enquanto cada personagem possui sequências de abertura exclusivas e arcos de histórias pessoais, a narrativa do jogo se adapta à escolha do jogador. Ele incentiva os jogadores a jogar como preferem: "Eu não acredito que você perderá muito. Isso realmente se resume ao seu estilo de jogo pessoal. Você pode pensar: 'Tudo bem, vou ver como o jogo se ajusta com base em qual personagem eu escolho'. Cada herói tem suas próprias apresentações e linhas de missões dedicadas, mas a experiência principal é flexível.
