हत्यारे की पंथ की छाया खिलाड़ियों को दो सम्मोहक नायक के बीच चयन करने देती है: नाओ, एक महिला शिनोबी, और यासुके, एक ऐतिहासिक अफ्रीकी समुराई-एक पसंद जो काफी पूर्व-लॉन्च चर्चा उत्पन्न करती है। कुछ प्रशंसकों ने चिंतित किया कि एक चरित्र पर ध्यान केंद्रित करने का मतलब महत्वपूर्ण कहानी तत्व या गेमप्ले से गायब हो सकता है।
क्रिएटिव डायरेक्टर जोनाथन ड्यूमॉन्ट ने इन चिंताओं को संबोधित किया, अपने स्वयं के संतुलित दृष्टिकोण का वर्णन करते हुए: "मैं काफी समान रूप से पात्रों के बीच स्विच करने के लिए जाता हूं। उदाहरण के लिए, मैं एक नायक के साथ 3-5 घंटे बिता सकता हूं, फिर स्विच कर सकता हूं और दूसरे के साथ एक और 2-3 घंटे खेल सकता हूं।"
हालांकि, ड्यूमॉन्ट ने उन खिलाड़ियों को आश्वस्त किया जो एक एकल नायक को प्राथमिकता देने से उनके अनुभव को महत्वपूर्ण रूप से प्रभावित नहीं करेंगे। जबकि प्रत्येक चरित्र अद्वितीय उद्घाटन अनुक्रम और व्यक्तिगत कहानी आर्क्स का दावा करता है, खेल की कथा खिलाड़ी की पसंद के लिए अनुकूल है। वह खिलाड़ियों को खेलने के लिए प्रोत्साहित करता है क्योंकि वे पसंद करते हैं: "मुझे विश्वास नहीं है कि आप बहुत कुछ याद करेंगे। यह वास्तव में आपके व्यक्तिगत प्लेस्टाइल के लिए नीचे आता है। आप सोच सकते हैं, 'ठीक है, मैं देखूंगा कि खेल किस चरित्र के आधार पर समायोजित करता है।" प्रत्येक नायक का अपना अनूठा परिचय और समर्पित खोज है, लेकिन मुख्य अनुभव लचीला है।
