Assassin's Creed Shadows pozwala graczom wybierać między dwoma fascynującymi bohaterami: Naoe, kobietą shinobi i Yasuke, historycznym afrykańskim samurajem-wyborem, który wygenerował znaczną dyskusję przed uprzedzeniem. Niektórzy fani martwili się, że skupienie się na jednej postaci może oznaczać brak kluczowych elementów historii lub rozgrywki.
Dyrektor kreatywny Jonathan Dumont zajął się tymi obawami, opisując jego własne zrównoważone podejście: „Mam tendencję do dość równomiernie przełączania się między postaciami. Na przykład mogę spędzić 3-5 godzin z jednym bohaterem, a następnie przełączyć kolejne 2-3 godziny z drugą”.
Jednak Dumont zapewnił graczy, którzy ustalały priorytetowe priorytetowe bohaterki, nie wpłynie znacząco na ich doświadczenia. Podczas gdy każda postać może pochwalić się unikalnymi sekwencjami otwierającymi i osobistymi łukami, narracja gry dostosowuje się do wyboru gracza. Zachęca graczy do gry, jak wolą: „Nie wierzę, że bardzo tęsknisz. Każdy bohater ma swoje unikalne wprowadzenie i dedykowane linie, ale podstawowe doświadczenie jest elastyczne.