Assassin's Creed Shadows membolehkan pemain memilih antara dua protagonis yang menarik: Naoe, seorang shinobi wanita, dan Yasuke, samurai Afrika bersejarah-pilihan yang menghasilkan perbincangan pra-pelancaran yang besar. Sesetengah peminat bimbang bahawa memberi tumpuan kepada satu watak mungkin bermakna kehilangan elemen cerita penting atau permainan.
Pengarah Kreatif Jonathan Dumont menangani kebimbangan ini, menggambarkan pendekatan seimbangnya sendiri: "Saya cenderung beralih antara watak-watak yang sama rata. Sebagai contoh, saya mungkin menghabiskan 3-5 jam dengan satu protagonis, kemudian beralih dan bermain lagi 2-3 jam dengan yang kedua."
Walau bagaimanapun, Dumont meyakinkan pemain bahawa mengutamakan protagonis tunggal tidak akan memberi kesan kepada pengalaman mereka. Walaupun setiap watak mempunyai urutan pembukaan yang unik dan arka cerita peribadi, naratif permainan ini menyesuaikan diri dengan pilihan pemain. Dia menggalakkan pemain untuk bermain seperti yang mereka suka: "Saya tidak percaya anda akan terlepas banyak, ia benar -benar datang ke playstyle peribadi anda. Anda mungkin berfikir, 'Baiklah, saya akan melihat bagaimana permainan menyesuaikan berdasarkan watak yang saya pilih.' Setiap wira mempunyai perkenalan unik dan questlines yang berdedikasi, tetapi pengalaman teras adalah fleksibel.
