Assassin's Creed Shadows laat spelers kiezen tussen twee meeslepende hoofdrolspelers: NAOE, een vrouwelijke shinobi en Yasuke, een historische Afrikaanse samurai-een keuze die een aanzienlijke pre-launch-discussie heeft gegenereerd. Sommige fans zijn bang dat het focussen op één personage zou kunnen betekenen dat ze cruciale verhaalelementen of gameplay missen.
Creatief directeur Jonathan Dumont ging over deze zorgen en beschreef zijn eigen evenwichtige aanpak: "Ik ben de neiging om redelijk gelijkmatig te schakelen tussen personages. Ik kan bijvoorbeeld 3-5 uur met één hoofdrolspeler doorbrengen, dan nog eens 2-3 uur met de tweede."
Dumont verzekerde spelers echter dat het prioriteren van een enkele hoofdrolspeler hun ervaring niet significant zal beïnvloeden. Hoewel elk personage unieke openingssequenties en persoonlijke verhaalbogen heeft, past het verhaal van de game zich aan aan de keuze van de speler. Hij moedigt spelers aan om te spelen zoals ze liever hebben: "Ik geloof niet dat je veel zult missen. Het komt echt neer op je persoonlijke speelstijl. Je denkt misschien: 'Oké, ik zal zien hoe de game aanpast op basis van welk personage ik kies.' Elke held heeft zijn eigen unieke introducties en speciale questlines, maar de kernervaring is flexibel.
