Assassin's Creed Shadows consente ai giocatori di scegliere tra due avvincenti protagonisti: Naoe, uno shinobi femminile e Yasuke, uno storico samurai africano, una scelta che ha generato una notevole discussione pre-lancio. Alcuni fan si sono preoccupati che concentrarsi su un personaggio potrebbe significare perdere elementi cruciali di storie o gameplay.
Il direttore creativo Jonathan Dumont ha affrontato queste preoccupazioni, descrivendo il suo approccio equilibrato: "Tendo a passare da un personaggio in modo abbastanza uniforme. Ad esempio, potrei passare 3-5 ore con un protagonista, quindi passare e giocare altre 2-3 ore con il secondo".
Tuttavia, Dumont ha rassicurato i giocatori che dà la priorità a un singolo protagonista non avrà un impatto significativo sulla loro esperienza. Mentre ogni personaggio vanta sequenze di apertura uniche e archi di storie personali, la narrativa del gioco si adatta alla scelta del giocatore. Incoraggia i giocatori a giocare perché preferiscono: "Non credo che ti perderai molto. Dipende davvero al tuo stile di gioco personale. Potresti pensare: 'Va bene, vedrò come il gioco si adatta in base al personaggio che scelgo." Ogni eroe ha le proprie presentazioni uniche e le loro missioni dedicate, ma l'esperienza di base è flessibile.